Como con cada desastre mayúsculo, el colapso del Imperio fue explotado por la inmunda y deshonrosa escoria del universo, la cual rezumó desde las amplias grietas en la Autoridad Imperial, como gusanos retorciéndose y abriéndose paso con libertad ante un cadáver. Sin la autoridad centralizada del Imperio, y ante un inexistente sistema de comunicación interestelar, todas las Flotas de Batalla Imperiales o de sector que hayan sobrevivido a la primera oleada infernal del Nuevo Devorador, quedaron totalmente perdidas y sin rumbo en esta nueva y destrozada galaxia. Todas las rutas disformes se hicieron inservibles, y todos los mapas y cartas disformes de la galaxia instantáneamente quedaron obsoletos. El universo se convirtió en un lugar mucho más grande e incomprensible. No solo esto, sino que las pocas naves en cohesión solo podían viajar tan rápido como se lo permitiera el sistema de tránsito de saltos cortos disformes. El cuerpo principal de las Casas de Navegantes fue destruido cuando Terra fue rebasada de demonios, y muchos más simplemente cedieron ante la locura absoluta por los repentinos incrementos de actividad caótica en el horroroso despertar del colapso.
Así, sin oposición alguna, la escoria criminal y en ocasiones herética del universo brotó en números mucho mayores que nunca antes. Las flotas mercantes desorientadas o perdidas fueron saqueadas, su gente asesinada o embrutecida en una variedad de interesantes y, sobre todo, desagradables formas. 'Manadas de Lobos', compuestas de fragatas renegadas y demás miasma humano, bloquearon sistemas enteros, sosteniendo a su gente para exigir sus rescates. Otros piratas, más enloquecidos y temerarios, perseguían convoyes y transportes, solo por la emoción de la caza. Se decía que esta Era de los Conflictos fue un verdadero paraíso para los impíos y los criminales.
A través de este período, hubo varias distinciones generales de fuerzas incursoras operando en algún momento a través de la galaxia, las que se detallarán aquí. Por supuesto, estas categorías no son mutuamente exclusivas. Tal es la variopinta naturaleza de las flotas piratas y corsarias, que en ocasiones estaban compuestas de una mezcla de varias clases de incursor, cada uno compartiendo objetivos similares de salvajismo, saqueo y beneficio.
1) Manadas de Lobos[]
Capitanes de Fragatas renegadas, antiguos comerciantes descontentos, disidentes políticos convertidos en corsarios y especuladores, o de plano, piratas en general. No eran un fenómeno nuevo, pues ya estaba presente durante el 41° Milenio, así como para el M51. Aún así, fue la escala de estos grupos piratas la que aumentó durante la Segunda Era de los Conflictos. Se hicieron más audaces y viciosos, escogiendo objetivos más grandes quienes, desprovistos de sus protectores, eran presas relativamente fáciles para estas bandas de renegados.
A veces, estas manadas de depredadores y saqueadores podían estar fundadas por ex-personal de flota disidente, en otras, por criminales de renombre locales, quienes a través del soborno, el asesinato y la traición, lograban conseguir suficiente poder y recursos para comandar o mandar a construir varias naves. Éstas eran equipadas con cualquier tripulación o armamento que pudieran arrimar, sean mercenarios, ladrones, asesinos, y desde módulos de misiles y cañones de proyectiles simples, hasta baterías de plasma o emplazamientos de lanza. Tales fuerzas empedradas no serían ningún problema para una flota militar totalmente equipada. Por desgracia, no había ninguna cerca para desafiar a estos cobardes villanos.
Un ejemplo prominente de este tipo de flotas fue la del Capitán Tastando Markus. Durante un tránsito disforme fallido en el M42, este Crucero Ligero clase Intrépido estaba solo, la nave perdida entre el mar de estrellas. Este Capitán era muy avaricioso, y no se preocupaba mucho por el Imperio mientras era parte de él. Ahora que él y su tripulación estaban solos, esta avaricia se transformó a disidencia abierta. Utilizó el sustancial poder ofensivo de su nave para aterrorizar mundos aislados y someterlos, o usar a su sangrienta tripulación para abordar naves o invadir mundos particularmente primitivos, saqueando de ellos cualquier cosa de valor, violando a cualquiera que eligieran, y en general, siendo desagradable.
Su tripulación no era uniformemente codiciosa y maliciosa, aunque estas honorables almas pronto fueron apuñaladas por la espalda por sus compañeros de nave más inescrupulosos. Markus mantuvo el orden bajo la promesa de botines y recompensas, y prevaleció a bordo un violento sistema de meritocracia.
Pronto, al correrse la voz de los éxitos delictuales de El Tiburón (renombrada así su nave), un pequeño conjunto de naves capturadas, desde fragatas hasta naves de carga crudamente convertidas, se adjuntaron a esta inusual y poderosa nave. En general, su Manada de Lobos, como casi todas las de su tipo, rondaron un único sistema (o 'red' local de sistemas que ya habían visitado antes), no atreviéndose a arriesgarse saltando hacia áreas desconocidas.
2) Los Corsarios[]
Fácilmente la forma más rara de pirata en la galaxia durante este período. Estas fuerzas casi míticas consistían en aquellos escasos Eldar que se perdían en la Senda del Proscrito, que lo perdieron todo. Sus Mundos Astronave estaban muertos, o atrapados dentro de la red de Ynnead. Estos proscritos vieron que su raza se había ido. Ya no habría ninguna redención para ellos. Así, con una furia y odio legendarios, se volvieron contra las causas percibidas de su miseria: la humanidad .
Los Eldar, cuya raza ya era un mito para casi todos los demás seres de la galaxia, se precipitaron entre las distintas jurisdicciones superpuestas de los innumerables Imperios Secundarios de la galaxia, asesinando y robando, gritando maldiciones a través de gargantas líricas. Nunca dejaban un rastro de su presencia. Solo cuerpos. Sus mentes extremadamente emocionales se volvieron hacia pensamientos oscuros, de los cuales no podían escapar. Algunos dicen que Yriel 'el loco' les dirige, pero no se está seguro. De hecho, no se tiene seguridad de que estos Corsarios existan realmente.
Por supuesto, algo está matando a las colonias humanas más aisladas, y robando suministros de todo el que pueden.
3) Los Eldars Oscuros[]
[Poca información disponible en este momento...]
4) Los Carroñeros[]
Algunas naves piratas parecen consistir de naves estelares destartaladas, pegadas una a otra, hechas a partir de ruinas y naufragios, pero reparadas. Algunos dicen que estas naves son los restos de los Orkos puros. Sin embargo, nadie se toma esto en serio. Todos saben lo que le ocurrió a los Orkos...
En todo caso, estas naves no eran de diseño Orko. Claro, alguien astuto debió haber construido estas toscas maravillas. Los encuentros con estas naves y sus piratescas tripulaciones nos dan mejores pistas.
Mutantes. Cada encuentro estaba orquestado, realizado y llevado a cabo por mutantes. Estas deformes y horripilantes criaturas, escondían sus jorobas, colas bestiales y extremidades supernumerarias bajo gruesas gabardinas y pesados equipos de respiración, y abordaban naves vulnerables, usando incineradores, armas de proyectil y otro armamento casero, robando cualquier cosa que necesitaban.
Ellos se hacían llamar simplemente 'los Carroñeros'. Se cree que estas flotas dispares, que operan cerca del sistema Flurian, en el Segmentum Pacificus, tienen una base dentro de esa región, y posiblemente un Mundo Industrial capturado. Las leyendas cuentan de El Carroñero, un joven niño, maldecido por una emaciación terrible, que lo hacía débil y feo. Este niño fue llevado al subterráneo de su Colmena, por los odiosos 'normales' de la sociedad. Allí encontró una familia amorosa entre la población de esclavos mutantes, quienes eran, sin excepción, monstruos encorvados y retorcidos, pero que lo quisieron como uno de los suyos. Este niño era, a fin de cuentas, un visionario y un genio de la más peligrosa variedad. Era un innovador. Rápidamente se hizo líder del grupo de mutantes subterráneos, y les envió a robar maquinarias de la superficie, para que se las trajeran. Lo hicieron, y, en la oscuridad, comenzó a crear.
Nadie sabe el final de este cuento, pero desde entonces, los Carroñeros se convirtieron en una facción pirata notoriamente peligrosa, usando cualquier maquinaria que puedan conseguir para diseñar tecnologías más letales e ingeniosas.