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Cuando Roboute Guilliman emprendió la larga y ardua tarea de preparar el Codex Astartes, el papel que desempeñarían las naves espaciales del Adeptus Astartes resultó un punto particularmente delicado. Para un Imperio todavía tambaleante tras una herejía sanguinaria que casi lo destruye, la división del poder era una consideración de importancia vital.
De entre las opciones más extremas, algunos se aventuraron a proponer que no se concediesen naves a los Marines Espaciales, a excepción de transportes entre sistemas, mundos natales y lunas próximas. Corax, entre otros, protestó enérgicamente ya que si los Marines Espaciales hubiesen estado mejor equipados con flotas de su propia legión, no hubiesen sufrido pérdidas tan tremendas cuando fueron atrapados por Horus y los recién descubiertos traidores en Istvaan V. En lugar de ello, se firmó un acuerdo en el que se limitaba a los Marines Espaciales el uso de naves diseñadas para facilitar el asalto planetario cuya función principal era de transporte, entrega y supresión. Solo se permitía a las naves más pequeñas que actuasen como cañoneras y las naves más grandes, como las barcazas de combate y los cruceros de asalto, servirían de ayuda en caso de invasión; de esta forma se aseguraban que los Marines Espaciales nunca supondrían una amenaza para la Flota Imperial. Inevitablemente, la interpretación de la función principal de una nave hace que algunos capítulos posean flotas de naves más versátiles que las que acostumbra a tener la propia Flota Imperial.
A diferencia de las naves de la Flota Imperial, las naves de los Marines Espaciales poseen una tripulación relativamente reducida. Un Marine Espacial es demasiado valioso para desperdiciarlo manejando un arma u observando un monitor de investigación y, por este motivo solo los oficiales a bordo de una nave suelen ser Marines Espaciales, además de los Tecnomarine que supervisan los motores y desempeñan otras funciones mecánicas. Casi todas los sistemas de una nave son controlados y supervisados por los servidores que son seres cibernéticos medio humanos conectados al armamento, motores y aparatos de comunicación de la nave.
También cuentan con cientos de siervos del capítulo que desempeñan diversas funciones como la rutina de limpieza y mantenimiento de la nave, sirviendo a los Marines Espaciales durante las comidas y otras tareas igual de honrosas. Estos siervos suelen proceder del planeta natal del capítulo o del enclave al que protegen; muchos de ellos son novicios o candidatos que no han superado alguna prueba del proceso de reclutamiento o entrenamiento. Estos siervos son leales hasta el fanatismo de sus maestros sobrehumanos y son adoctrinados en muchas de las órdenes menores del Culto del Capítulo. Aunque son humanos, se benefician de un notable entrenamiento y además tienen acceso a un armamento superior que el habitual a bordo de una nave imperial, por lo que resultan una expectativa temible en acciones de abordaje, incluso sin contar con el apoyo de sus señores modificados genéticamente.
Organización de la Flota
Normalmente, uno de los capitanes del capítulo es nombrado Señor de la Flota con responsabilidad total sobre toda la flota del capítulo. El capitán tiene a su disposición a todos los pilotos, oficiales de artillería, tripulación y navegantes del capítulo.
Esta tripulación adicional no se unirá a la compañía del Señor de la Flota ya que no son Marines Espaciales, sino siervos adoctrinados solo en las órdenes inferiores del capítulo, particularmente en aquellos cultos asociados con la propia flota. La mayoría de capítulos tienen varios cultos dedicados a la flota, porque a pesar de su especialización, han de permanecer siempre subordinados a sus señores Marines Espaciales, independientemente de si la flota puede depender de ellos.
Aunque los siervos componen el grueso de las tripulaciones a bordo de las naves de Marines Espaciales; el Señor de la Flota también tiene a una serie de Marines Espaciales a su mando, que actúan como oficiales de alto rango a bordo de las naves de la flota, proporcionando capitanes a cada nave, liderando grupos de abordaje especializados o supervisando a los entregados siervos que sirven de mano de obra de la nave.
La organización exacta de los Marines Espaciales a los que se encomienda la supervisión de las tripulaciones de la flota, varía de un capítulo a otro. En algunos casos, será el Señor de la Flota el que proporcione estos marines y algunos de sus capitanes veteranos actuará como capitán de una nave diferente de la flota, mientras los componentes de su propia escuadra se ocupan cada uno de un área vital de la nave. En otros casos, las escuadras de compañías diferentes de un mismo capítulo son las encargadas del manejo de la flota, sirviendo bajo el mando del Señor de la Flota del mismo modo que una fuerza de combate de Marines Espaciales puede estar formada de escuadras procedentes de varias compañías de un capítulo bajo el mando de un único comandante.
En valores mínimos, un Señor de la Flota necesita entre ochenta y cien marines para el funcionamiento adecuado de la flota; las cañoneras Thunderhawk y sus cápsulas de desembarco , y la mayoría de capítulos disponen de medidas para asegurarse de que una fuerza importante esté disponible en todo momento para el Señor de la Flota, ya se trate de su propia compañía al completo, o de escuadras pertenecientes al capítulo que tiene a su disposición.
Igual que ocurre con todos los trabajos especializados con los que se puede honrar a un Marine Espacial, el hecho de servir en la flota conlleva una gran variedad de títulos y rangos. Mientras el Señor de la Flota mantenga el control absoluto de toda la flota, los capítulos de Marines Espaciales suelen hallarse con frecuencia dispersos en varias zonas de guerra de la Galaxia , y, de este modo, el mando de la fuerza de combate y de la flota de transporte le confieren honores adicionales como la Regencia de la flota, Comandante al mando, etc. La heráldica y la armadura personalizada de un marine suelen llevar emblemas de su servicio en la flota, por los que han obtenido honores y títulos adicionales, u otros emblemas indicativos de su función dentro de la flota.
